Z początkiem października 2011 roku ruszają nowe studia podyplomowe pn.  „Nowoczesne narzędzia diagnostyki medycznej i terapii”,  uruchomione dzięki współpracy Krakowskiego Szpitala Specjalistycznego im. Jana Pawła II w Krakowie oraz dwóch uczelni krakowskich: Politechniki Krakowskiej i Akademii Górniczo-Hutniczej. Podstawą nowej inicjatywy stała się umowa, podpisana 20 stycznia 2011 roku, z inicjatywy dr n. med. Anny Prokop-Staszeckiej – Dyrektora Szpitala im. Jana Pawła II. Umowę tę podpisał  Szpital  oraz sześć instytucji dydaktyczno-naukowych, a objęli ją  patronatem: Marszałek Województwa Małopolskiego oraz Wojewoda Małopolski.